Postdoc Position for development of RNA design software
Oversigt og nøgleindsigter
Aarhus Universitet søger en postdoc til udvikling af software til RNA-design. Stillingen er en fastansættelse på 2 år i et projekt, der fokuserer på RNA origami-robotter til bioteknologiske anvendelser.
Højdepunkter
- Deltagelse i det innovative RIBOTICS-projekt finansieret af ERC
- Mulighed for at arbejde med avanceret RNA-design og modulære nanostrukturer
- Et dynamisk og tværfagligt forskningsmiljø med internationalt samarbejde
Påkrævede kvalifikationer
- • PhD i datalogi, bioinformatik eller lignende
- • Proficient i programmering i Python og JavaScript
- • Stærke samarbejds- og kommunikationsevner
Ønskværdige kvalifikationer
- • Erfaring med biomolekylær forudsigelse, design og simulationssoftware
- • Erfaring med objektorienteret programmering og udvikling af bioinformatik-algoritmer
Den ideale kandidat
Den ideelle kandidat er en selvstændig forsker med stærke tekniske færdigheder i programmmering og bioinformatik. Kandidaten skal kunne arbejde tæt sammen med et team og støtte yngre studerende i deres forskning.
Jobdetaljer
Jobbeskrivelse
Applications are invited for a fix-termed 2-year postdoc position in the field of RNA design at the Department of Molecular Biology and Genetics, Aarhus University, Denmark. The position is part of the project RIBOTICS (RNA Origami Technology in Cell Systems) funded by an Advanced Grant from the European Research Council (ERC). The intended starting date is 01st September 2026 or as soon as possible thereafter.
Job description
In the Andersen lab for Biomolecular Design (andersen-lab.dk) we are experts in designing DNA, RNA and proteins to create nanoscale devices for applications in biotechnology and medicine. The lab invented the RNA origami method [1] and have developed basic algorithms and software for RNA design. However, there is a great need to develop new software for the design of advanced RNA origami robots that can sense, compute and actuate [2].
In the recently funded RIBOTICS (RNA Origami Technology in Cell Systems) project, the lab aims to develop RNA origami robots for cell factories (yeast production strains) for improved synthesis of valuable proteins and biochemicals. The project of this position aims to develop computational methods for design of modular RNA origami robots. The project includes the following tasks:
- Develop computer-aided design software for modular construction of switchable RNA nanostructures.
- Develop databases for RNA modules for automated building of atomistic models.
- Develop multistate sequence design algorithm for rational design of RNA switches.
- Develop database of cell type specific constraints for incorporation in RNA design algorithms.
The RIBOTICS project involves a team of 3 postdocs and 3 PhD students, who will work on design, characterization, and experimental verification of several RNA systems that can regulate gene expression, control enzyme proximity, sense product yields, and do molecular computations for feedback control. The successful candidate will work in close collaboration with the RIBOTICS team and will be part of a vibrant research environment at the Interdisciplinary Nanoscience Center, where the lab is located.
Your qualifications:
Required qualifications:
- Applicants must hold a PhD degree in computer science, bioinformatics or similar.
- The applicant must be proficient in programming in Python and Java script.
- Have strong cooperation and communication skills.
- Have good command of the English language, both spoken and written.
- Be independent and capable of assisting younger students in their research projects.
Desirable qualifications:
- Experience with biomolecular prediction, design, and simulation software.
- Experience with object-oriented programming and bioinformatics algorithm development.
- Experience with database construction.
What we offer
The department offers a dynamic, interdisciplinary research environment with many industrial, national and international collaborators. The city of Aarhus is the second largest in Denmark located on the eastern coast of the peninsula of Jutland. Aarhus offers a rich cultural life with its many international students and cultural events. It is easily accessible from major European cities either by train or plane.
Furthermore, the workplace offers:
- a well-developed research infrastructure, laboratories and access to shared equipment including world-class cryo-EM and FACS core facilities.
- a research climate encouraging lively, open and critical discussion within and across different fields of research
- a work environment with close working relationships, networking and social activities
- a workplace characterised by professionalism, equality and a healthy work-life balance.
Karrierevej
Typisk karriereforløb
Senior Postdoc
Research Scientist
Team Lead/Principal Investigator
Vækstpotentiale
Stillingen tilbyder mulighed for at udvikle avancerede færdigheder inden for RNA-design og softwareudvikling, hvilket åbner døre til ledende forskningspositioner. Med erfaring fra et tværfagligt miljø kan kandidaten også forfølge roller i industri og akademia med fokus på bioteknologi og medicinske applikationer.
Overførbare færdigheder
Branchekontekst
Postdoc-stillingen er en del af en voksende trend mod tværfaglig forskning inden for biomolekylær design, der kombinerer biologi, datalogi og ingeniørvidenskab. Dette felt er i rivende udvikling og tilbyder mange muligheder inden for både akademiske og industrielle sektorer.
Færdighedsanalyse
Kritiske færdigheder
Kandidaten skal have en PhD-grad i datalogi, bioinformatik eller et beslægtet område.
Kandidaten skal være dygtig til at programmere i Python og JavaScript for at udvikle software til RNA design.
Vigtige færdigheder
Kandidaten skal have stærke samarbejdsevner og kommunikationsevner for at kunne arbejde effektivt i et team.
Godt kendskab til engelsk, både skriftligt og mundtligt, er nødvendigt for kommunikation i forskningsmiljøet.
Ønskværdige færdigheder
Erfaring med software til biomolekylær forudsigelse, design og simulering er en fordel.
Erfaring med objektorienteret programmering og udvikling af bioinformatik algoritmer er ønskeligt.
Erfaring med opbygning af databaser til automatisk modellering er en fordel.
Mest kritiske færdigheder
Sådan fremhæver du din erfaring
Fremhæv din PhD-grad og specifik viden inden for datalogi eller bioinformatik. Beskriv konkrete projekter, hvor du har anvendt Python og JavaScript, samt hvordan du har samarbejdet i forskningsteams.
Interviewforberedelse
Sandsynlige spørgsmål
Kan du beskrive din erfaring med programmering i Python og JavaScript?
tekniskTip: Fokuser på specifikke projekter, hvor du har anvendt disse sprog.
Hvordan har du tidligere arbejdet med biomolekylær design eller simulering?
erfaringTip: Giv konkrete eksempler på software eller metoder du har brugt.
Hvordan vil du håndtere udfordringer i samarbejdet med teammedlemmer?
kulturTip: Del en situation, hvor du har løst en konflikt eller samarbejdet effektivt.
Fortæl om en tid, du har udviklet en algoritme til et forskningsprojekt.
tekniskTip: Beskriv problemstillingen og løsningen du kom op med.
Hvilke metoder ville du overveje til at udvikle databaser for RNA-moduler?
tekniskTip: Diskuter relevante databaser og designprincipper.
Spørgsmål du kan stille
- Hvad er de største udfordringer, som RIBOTICS-projektet står overfor lige nu?
- Hvordan ser samarbejdet mellem postdocs og PhD-studerende ud i laboratoriet?
- Hvilke ressourcer er tilgængelige for udvikling af den nødvendige software?
Tale punkter
- Din erfaring med at udvikle software og algoritmer i relevante kontekster.
- Din evne til at arbejde i tværfaglige teams og kommunikere komplekse idéer.
- Din motivation for at bidrage til forskning inden for RNA-design og bioteknologi.
Bekymringspunkter at være opmærksom på
- Manglende erfaring med samarbejde i et team.
- Utilstrækkelig teknisk viden om biomolekylære softwareværktøjer.
Ansøgningsstrategi
Ansøgningstips
- Fremhæv din erfaring med programmering i Python og JavaScript i dine tidligere projekter.
- Beskriv specifikke eksempler på, hvordan du har arbejdet med biomolekylær design eller algoritmeudvikling.
- Vis engagement i teamwork ved at nævne erfaringer med at samarbejde med studerende eller forskere.
Nøgleord at inkludere
Fokus i ansøgningen
Fremhæv din PhD-uddannelse i et relevant felt og din erfaring med at udvikle software til biomolekylær design. Betydningen af teamwork og kommunikation i dine tidligere projekter bør også understreges.
Tilpasning af CV
Tilpas CV'et ved at inkludere relevante projekter og erfaringer, der viser dine færdigheder i programmering og biomolekylær design. Sørg for at fremhæve specifikke teknologier og metoder, som er nævnt i stillingsopslaget.
Ofte stillede spørgsmål
Hvad indebærer stillingen som postdoc i RNA design software?
Stillingen fokuserer på udviklingen af software til design af modulære RNA origami robotter. Du vil arbejde med computer-aided design, databaser og algoritmer til RNA-design i et forskningsprojekt ved Aarhus Universitet.
Hvilke kvalifikationer kræves for at ansøge til stillingen?
Ansøgere skal have en PhD-grad i datalogi, bioinformatik eller lignende. Derudover kræves det, at du er dygtig i programmering, især i Python og JavaScript, samt har gode kommunikationsevner.
Hvad tilbyder Aarhus Universitet i denne stilling?
Aarhus Universitet tilbyder et dynamisk og tværfagligt forskningsmiljø med mange samarbejdsmuligheder både nationalt og internationalt. Du vil også få mulighed for at arbejde sammen med et team af dedikerede forskere.
Hvordan er arbejdsmiljøet i Andersen-laboratoriet?
Arbejdsmiljøet i Andersen-laboratoriet er inspirerende og samarbejdsorienteret. Du vil være en del af et vibrant team af postdocs og PhD-studerende, der arbejder på avancerede RNA-systemer i et interdisciplinært center.
Hvad forventes der af den succesfulde kandidat?
Den succesfulde kandidat forventes at være selvstændig, kunne assistere yngre studerende og bidrage aktivt til projektets mål. Derudover skal kandidaten være i stand til at kommunikere effektivt på engelsk.
Er der særlige erfaringer, der vil være en fordel for ansøgere?
Ja, erfaring med biomolekylær forudsigelse, design og simulering, samt databasekonstruktion og objektorienteret programmering vil være en fordel for ansøgere.
Hvornår er startdatoen for stillingen?
Startdatoen for stillingen er den 1. september 2026 eller snarest derefter, afhængig af ansøgerens tilgængelighed.
Hvilke projekter vil jeg arbejde på som en del af RIBOTICS?
Som en del af RIBOTICS-projektet vil du arbejde på design, karakterisering og eksperimentel verifikation af RNA-systemer, der kan regulere genexpression og udføre molekylære beregninger.